Dětství
Chico Xavier se narodil 2. dubna 1910 ve městě Pedro Leopoldo ve státě Minas Gerais. Pocházel ze skromné rodiny a měl devět sourozenců. Jeho otec João Cândido Xavier prodával loterijní losy a matka Maria João de Deus pracovala jako pradlena. Oba rodiče byli negramotní.
Se svou mediumitou se setkával již od raného dětství. Ve čtyřech letech například během rozhovoru dospělých popisoval skutečnosti, které vnímal prostřednictvím duchů.
Kmotřino týrání
Když bylo Chicovi pět let, zemřela jeho matka. Otec nebyl schopný všech devět dětí uživit, a proto je rozdělil mezi příbuzné a přátele rodiny. Následující dva roky vyrůstal Chico u své kmotry Rity de Cássia, staré přítelkyně jeho matky. Ta se však později projevila jako velmi krutá. Oblékala ho do dívčích šatů a denně ho bila, zpočátku pod různými záminkami a později s tvrzením, že „chlapec má ďábla v těle“.
Týrání se neomezovalo pouze na bití. Kmotra mu někdy zabodla vidličku do břicha a nedovolila mu, aby si ji sám vytáhl, což mu způsobovalo velké utrpení. Jediné chvíle klidu nacházel v rozhovorech s duchem své matky, se kterou podle svých vzpomínek komunikoval od pěti let. Po jedné z modliteb ji spatřil ve stínu banánovníku na dvorku za domem. Matka mu v těchto chvílích připomínala především potřebu trpělivosti, důvěry a víry v Ježíše.
„Trpělivost, důvěra a víra v Ježíše.“
Rita vychovávala také druhého adoptivního syna jménem Moacir, který trpěl nevyléčitelnou ránou na noze. Podle rady léčitelky mělo některé dítě zanícenou ránu olizovat po dobu tří pátků a zároveň se postit. Rita tento úkol uložila malému Franciscovi. Chico se proti jejímu požadavku chtěl vzbouřit, ale znovu se obrátil k duchu své matky. Ta mu poradila, aby požadavky kmotry snášel a vykonával s trpělivostí, protože odpor by její hněv jen dále zhoršoval. Zároveň mu sdělila, že samotné splnění tohoto úkolu není lékem a že o uzdravení Moacira se postarají duchové. Poté, co se rána zahojila, Rita své chování vůči Franciscovi zmírnila.
Návrat domů a školní léta
Chicův otec se podruhé oženil. Jeho nová manželka Cidália Batista trvala na tom, aby se všechny děti vrátily zpět do rodiny. Franciscovi bylo v té době sedm let. Cidália se zasadila také o to, aby začal chodit do základní školy. S otcem měla později dalších šest dětí. V tomto období se duch Chicovy matky přestal objevovat. Chico chtěl rodině pomoci s výdaji, a proto začal prodávat zeleninu z domácí zahrady.
Jeho mediumní schopnosti mu způsobovaly problémy ve škole i v kostele. Ve čtvrté třídě během vyučování prohlásil, že mu muž, kterého při hodině viděl, nadiktoval slohovou práci. Nikdo mu však nevěřil a ani učitelka jeho vysvětlení nepřikládala význam.
V roce 1922, při příležitosti 100. výročí nezávislosti Brazílie, se konala celostátní soutěž slohových prací, v níž Franciscův text získal čestné uznání. Úspěch však vyvolal nedůvěru některých spolužáků, kteří ho obvinili z plagiátorství. S podobnými pochybnostmi o původu svých textů se později setkával po celý život. Aby své schopnosti obhájil, přijal výzvu napsat pod vedením ducha improvizovanou práci na náhodně zvolené téma „zrnko písku“. Úkol úspěšně zvládl.
S jeho schopností komunikovat s duchovním světem se postupně naučila pracovat i rodina. Cidália například požádala Francisca, aby se zeptal ducha své matky, jak zabránit sousedce v krádežích zeleniny ze zahrady. Dostala nečekanou radu: svěřit právě této sousedce hlídání zahrady. Cidália radu poslechla a krádeže ustaly.
Chicův otec měl přesto z jeho mediumity obavy a uvažoval o tom, že ho pošle na léčení. Obrátil se proto na faráře Scarzelliho. Ten Francisca vyšetřil a dospěl k názoru, že léčba není nutná a že jde pouze o chlapcovu fantazii. Rodině doporučil omezit jeho četbu, kterou považoval za možný zdroj těchto představ, a poslat chlapce do zaměstnání.
Francisco proto nastoupil jako pomocný dělník do textilní továrny. Práce byla fyzicky náročná a podléhala přísné tovární disciplíně. Toto období se podepsalo na jeho zdraví a následky ho provázely i v pozdějších letech.
V roce 1924 dokončil poslední ročník základní školy a ke studiu se již nikdy nevrátil. Později začal pracovat jako pokladník v obchodě, kde trávil dlouhé hodiny. Zůstával zbožným křesťanem a plnil pokání, která mu farář ukládal při zpovědi. Duchy však nepřestal vidět ani s nimi komunikovat.